。张经上疏说“：向安南进兵的道路有六条，兵力应要三十万；一年的粮饷要花费一百六十万；造舟船、买马匹、制造器械物资和犒赏军队等诸项费用又须花费七十余万。况且我们征调大队人马，涉炎热之海，我劳彼逸，情状相殊甚远，不能不审时度势而行啊。”此疏章刚递上，钦州的知州林希元又竭力陈说可取莫登庸，于是兵部无法议决，又请朝廷大臣协议。等朝廷大臣的协议呈给皇帝，皇帝不悦地说“：我听你们士大夫私下议论，都说朝廷不该兴兵。你们这些人职司国家朝政，却漫无主张，遇到事情全部推诿给朝廷会议。既然你们不同心协力为国家谋划，就停止出征好了。仇鸾、毛伯温另行调用。”
十八年(1539)朝廷册立皇太子，应当颁布诏书给安南。朝廷特地起用黄绾为礼部尚书，学士张治为他的副手，出使安南国。该使命刚刚下达，莫方瀛派使者上表乞降，并登记了安南的土地、户口数，听凭明朝廷的处置，共有府五十三个，州四十九个，县一百七十六个。皇帝接纳了莫方瀛的表文，交给礼部、兵部官员共同讨论。到七月，黄绾出使还未成行，便以逆忤圣旨罪落职，该使命也就停止了。当初，征讨安南的建议出自夏言，皇帝既已责罪了黄绾，就动怒道：“安南之事，本来只有一个人偶议，众人都是附随而已。你们便讥笑我听从夏言的话，共做怠慢之词应付我。安南国是应该弃置还是应该讨伐，应有一个确定的决议，兵部马上召集大臣商议后将决议告诉我。”这样一来，张瓒和朝廷大臣都感到惶惧，请求皇帝按前番诏令行事，仍派仇鸾、毛伯温南征安南。如果莫登庸父子能够自动束手归降，对朝廷没有异心，则可不治他们的死罪。皇帝同意。莫登庸听说后，心中大喜。
十九年(1540)，毛伯温等人抵达广西，传檄文给莫登庸父子，将如果他们纳款示诚可以宽恕罪行的意思谕告他们。此时莫方瀛已死，莫登庸即派使者前来请求归降。十一月，莫登庸率领二儿子莫文明及手下的部目四十二人进入镇南关。他们自己囚首徒跣，匍匐在坛上叩头，向朝廷所派的官员进归降表文，毛伯温宣读皇帝的诏令赦免了他们的罪行。他们又到军门前匍匐再拜，呈上土地、军民的籍册，请求永为明朝廷的藩臣。毛伯温等人宣示了明朝廷的威德之后，让他们回国听候命令。毛伯温等人将此情况上疏给朝廷，皇帝听后大喜，下令将安南国削为安南都统使司，授予莫登庸都统使的职位，官秩为从二品，佩银印。以前安南所私自拟定的制度全部废除，将其十三道改为十三个宣抚司，各设宣抚、同知、副使、佥事，听从都统的升迁罢免。广西每年给安南送《大统历》，仍让安南每三年向朝廷进贡一次以为常例。又让莫氏审核黎宁其人的真伪，如果确是黎氏后裔，割让他们所据的四个府给他们，让他们供奉祀事，否则就免了。皇帝的命令一下，莫登庸惶恐敬畏地接受了成命。
二十二年(1543)，莫登庸去世，莫方瀛的儿子莫福海承继官职，派宣抚同知阮典敬等人前来朝贡。二十五年(1546)，莫福海去世，他的儿子莫宏氵翼继承官职。当初，莫登庸曾认石室人阮敬为义子，封为西宁侯。阮敬有个女儿嫁给莫方瀛的次子莫敬典为妻。阮敬因与莫方瀛的妻武氏私通，得以专擅兵权。莫宏氵翼继立官职时，才五岁，阮敬便更加专权恣意用事。莫登庸的次子莫正中和莫文明都退避到都斋，与他们同辈的阮如桂、范子仪等人亦避居到乡里。阮敬举兵逼近都斋，莫正中、阮如桂、范子仪等人起来抵御，不胜。莫正中、莫文明率领家属逃奔到钦州，范子仪收拾残卒逃往海东。阮敬诡称莫宏氵翼已殁，以迎立莫正中为托词，进犯钦州，被参将俞大猷所败。阮敬被诛杀。莫宏氵翼将此上报朝廷。礼部官员认为其国内乱未定，名分不分，制止他们的使者进京，而让守卫大臣审核谁是该立之人。到三十年(1551)事情真相大白以后，朝廷命令给莫宏氵翼授予都统使职位，让他赴关领牒。此时正碰上部目黎伯骊和黎宁手下的大臣郑检一起合兵前来攻打，莫宏氵翼逃奔到海阳，无法赴关领牒。黎光贲等人留在南宁达十五年，与他共同出使的人也已去世了一大半。莫宏氵翼祈求守卫大臣代他向朝廷请求，朝廷下诏允许黎光贲等人入京，但都统使官职的凭信仍要等莫宏氵翼赴关时才颁给。四十三年(1564)，莫宏氵翼去世，其儿子莫茂洽继嗣。万历元年(1573)莫茂洽被授予都统使职位。三年(1575)莫茂洽派使者向朝廷谢恩，祝贺万历皇帝即位，向皇帝进献特产，并补齐连年所缺的贡品。
此时莫氏的势力渐衰，黎氏势力复兴，他们互相构兵作战，安南国则更多变故。初始时黎宁占据清华期间，仍僭称帝号，把嘉靖九年(1530)改为元和元年。过了四年，黎宁被莫登庸所攻，逃窜到占城界内。安南的国人便拥立他的弟弟黎宪，改纪元为光照。十五年(1536)查访到黎宁所在的地方后，安南人将他迎回清华，后来迁到漆马江。黎宁去世后，他的大臣郑检扶立黎宁的儿子黎宠为王。黎宠去世后没有子嗣，安南国人便共同拥立黎晖的四世孙黎维邦为王。黎维邦去世后，郑检的儿子郑松拥立黎维邦的儿子黎维潭为王，他们世代居住在清华，自成一国。
万历十九年(1591)，黎维潭的势力逐渐强盛，便举兵攻打莫茂洽，莫茂洽失败后逃奔到嘉林县。第二年冬，郑松引诱当地的土人作为内应，袭击并杀死了莫茂洽，夺取了他的都统使官印，莫茂洽的亲党大多也遇害。有一个叫莫敦让的人，逃到防城告难，总督陈渠艹将此上报朝廷。郑松又擒获了莫敦让，势力更加扩张。莫茂洽的儿子莫敬恭与宗人莫履逊等逃奔到广西的思陵州，莫履机逃奔到钦州。只有莫敬邦有军队十余万人，从京北道起兵，击溃了黎氏的同党范拔萃、范百禄诸军，莫敦让才得以复归。众人于是推举莫敬邦掌管都统事务，流居到广西思陵、钦州的人也都回来了。黎氏的军队攻打南策州，莫敬邦被杀，于是莫氏的势力更加衰微。莫敬恭、莫敬用屯驻谅山的高平，莫敬璋屯驻东海的新安，因怕黎氏军队追索，便逃窜到龙州、凭祥境内，让土官把具体的情况上报当地官府。黎维潭也到广西来叩关要求向明朝廷通贡，以国王的金印作为标识。
二十一年(1593)，广西巡抚陈大科等人上疏说“：蛮夷之邦国王易姓就如弈棋一样，不应当以彼国内部的叛逆顺服作为顺逆的标志，只应当以他们对我明朝廷是叛是服作为顺逆的标志。现今黎维潭虽然图谋恢复统治，而莫茂洽本来就是我明朝的外臣，怎么能不为他请命而让他猛然间遭杀戮呢。我认为黎氏擅自兴兵之罪，不能不追究。莫氏子遗，亦不能不保存。倘若像先朝的事例那样，听任黎氏投诚，也仍然保存莫氏，此之于当年的漆马江黎氏，亦不翦断他们的祀事，这样更好。”朝廷大臣商量后决定按陈大科所述的那样行事。第二年，陈大科正派遣官员前去考察，莫敬用即派使者到军门告难，并请求陈大科出兵。第二年秋天，黎维潭也派使者前来谢罪，请求投诚。这时陈大科已升为两广总督，他与广西巡抚戴耀一同嘱托左江副使杨寅秋办理此事。杨寅秋私下决定“：不拒绝黎氏，也不弃莫氏。”于是两头派官员前去勘问，结果莫敬恭等人愿意居住在高平，而黎维潭也几次派使者前来请求投诚。杨寅秋便与他们定下投诚日期，将此报告给总督和巡抚。这时，正好莫敬璋率领众人赴永安，被黎氏的军队所击败，海东、新安的地盘尽数丧失，于是接受投诚的主意更为坚决。
这时的黎维潭想恢复名位，不想把自己比作莫登庸，因此没有把自己绑起来进关认罪的意思。杨寅秋又派官员向黎维潭谕告投诚之事，黎维潭的使者来报告说投诚如约进行。到约定的投诚日期时，黎维潭忽然对边关的官吏说：“我士兵饥病交加，投诚的仪式无法准备。况且莫氏是我的仇人，居住在高平，所以不敢听命马上投诚。”于是便在半夜逃走了。陈大科等人将此上报朝廷，说是由于黎维潭的大臣郑松专权才致如此。黎维潭又派使者到边关求见，表白自己不是逃走。陈大科等人便再次派官员前去谕告投诚之事，黎维潭听命服从。