就很困难。请求朝廷按以往惯例，特地派遣巡视大臣，统摄滨海诸郡，处理庶事的权力归于统一，这样威严的命令才容易施行。”朝廷大臣商讨后认为杨九泽所言很对，于是任命副都御史朱纨巡抚浙江，兼管福州、兴州、漳州、泉州、建宁五个府的军事。不久，日本国王源义晴派使臣周良等人先期前来向朝廷献贡，贡品用四艘船装运，随行人员有六百。他们停泊在海外以等待明年的献贡日期。当地守卫大臣阻止他们，他们则说是被风飘来的作为解释。十一月此事上报朝廷，皇帝认为先期到达不符合制度，况且献贡的人和船都超过了规定数额，敕令当地守卫大臣勒令他们回去。十二月，倭贼进犯宁波、台州两个郡，进行大肆杀掠，两个郡的将吏一并获罪下狱。
第二年六月，周良又请求献贡，朱纨将此上报朝廷。礼部官员上奏说“：日本国前来献贡的日期、船只和人数虽然违反了制度，但这次他们的表文中言辞恭顺，况且离献贡的日期也不远了，倘若一概加以拒绝，则航海之辛劳也应加怜悯，倘若稍加含容，则宗设、宋素卿之争亦可做借鉴。应敕令朱纨，让他遵循十八年(1539)的先例，送五十人进京朝贡，其余的人留在嘉宾馆，适量加以犒赏，然后谕令他们回国。若有双方互做贸易和防守之事，应让朱纨亲自处理。”皇帝同意，朱纨则竭力说只送五十人太少，于是朝廷便让他送一百人赴京都。礼部建议只给这一百人实行赏赐，其余的随行人员不给赏赐。周良则诉说装载贡品的船高大，必须有五百人才能驾驶。而且中国的商船进入海中以后，往往藏匿在岛中作为盗贼，所以要增加一艘船以防海盗，这不是故意违反制度。礼部建议适量增加其赏赐，并说：“以一百人做定制，他们国家势必难以遵行，应量其献贡之船的大小，以实施禁令。”皇帝同意。
日本国在孝宗、武宗两位皇帝当政时，曾勘合了近二百道金牌，其使臣前次入朝献贡时要求颁发新勘合的金牌，朝廷则让他们缴出旧的金牌。这次周良持弘治年间勘合的十五道金牌前来入贡，说其余的金牌都被宋素卿的儿子窃走，已搜捕不到了。至于正德年间勘合的金牌，他们留下十五道作为凭信，拿四十道归还朝廷。礼部建议让他们在日后把旧勘合的金牌悉数上缴后，才给他们发新勘合的金牌，皇帝也同意了。
当此之时，日本国王虽然向明朝廷进贡，但其岛屿上的诸倭人每年却常侵略滨海地区，而滨海地区的奸民又往往与倭贼勾结在一起。朱纨于是严厉申述禁令，一旦抓获与倭贼交通之人，不等朝廷的命令便相机斩杀。这样一来，浙江、福建那些长期以来作为倭贼代理人的大姓人家因失去利益而产生怨恨。朱纨又数次上疏给朝廷，明白指出这些大姓勾通倭贼的情状，因此闽、浙两省的人都厌恶朱纨，其中闽籍人尤甚。巡按御史周亮，是闽籍出生，上疏诋毁朱纨，请求朝廷将巡抚改为巡视，以削夺朱纨的权力。在朝廷中为官的周亮的同党，竟然运用自己的力量和影响四出活动，使周亮的疏章获得通过。接着又剥夺了朱纨的官职，罗织了朱纨擅杀无辜的罪名，朱纨便自杀而死。从此以后四年内没有设置巡抚之职，海禁又松弛了，海上盗寇之乱也更为严重。
按祖先的制度，在浙江设置市舶提举司，以宦官主持该司的事务，驻地在宁波。海船到达时，市舶提举司评价其货物的价值，但制驭之权则在朝廷。到世宗皇帝时，将镇守地方事务的宦官全部撤回朝廷，同时撤销了市舶，于是滨海地区的奸人便操纵了海上贸易的利益。刚开始交易时还是以商人为主，等到严禁与番人交通的禁令下达后，这种交易便转移到贵官之家，这样贵官之家欠倭人之债的也愈来愈多。等到倭人前来索债太急时，这些官宦人家或以危言恫吓他们，或又以好话欺骗他们，说我们最终不会亏待你们的，等等。倭人没取得资金无法回去，为此大为怨恨，而大奸人如汪直、徐海、陈东、麻叶之流又长期聚集在他们当中，因在内地无法得逞其事，于是全部逃到海岛上去做主谋。倭人都听他们的指挥，他们便引诱倭人做海盗。海中的巨盗，于是都沿袭倭人的服饰、旗号，并且分船抢掠内地，无不获大利，因此倭寇之患日愈剧烈，于是朝廷大臣商议后又设置巡抚官职。三十一年(1552)七月任命佥都御史王忄予出任巡抚之职，而此时倭贼寇盗之势已经炽盛，无法扑灭了。
明朝初年，沿海的关键地区建立了卫所，设置了战船，让都司、巡视、副使等官监督行事，因此控制得颇为周密。等到国内享受太平已久，以致战船破烂，军队空虚。一旦遇到敌警，便招募渔船放哨守卫。这样的士兵没有经过长期训练，船也不是专业战船，于是一见到海寇的船只，总是望风而逃，而上面又没有统帅率领他们抵御海寇。以致贼船所到之处，无不受其残破。
三十二年(1553)三月，汪直勾结诸倭贼大举入侵，率战舰数百艘，蔽海而至。浙东、浙西、长江之南、长江之北，沿海数千里地方，同时告警。倭贼攻破昌国卫。四月又进犯太仓，攻破上海县，掠夺了江阴，攻打乍浦。八月他们又抢劫金山卫，进犯崇明、常熟和嘉定。三十三年(1554)正月他们又从太仓出发掠夺苏州，攻打松江，又朝长江以北进发，进逼通、泰两州。四月，他们攻陷嘉善，攻破崇明，又进逼苏州，进入崇德县。六月，他们从吴江出发掠夺嘉兴，回来时驻扎在柘林。他们纵横往来，如入无人之境，新任巡抚王忄予也无法有所作为。不久，王忄予改为大同巡抚，以李天宠代王忄予做浙江巡抚，朝廷又命令兵部尚书张经总督军务。于是从四面八方征兵，协力进剿倭贼。