诏率军往援，在贵阳附近大破艾能军并将之生擒。随后，孙可望很快派遣使者入朝，连称误会，并表示愿意接受朝廷的招安。隆武帝也心照不宣地不再追究。最后双方达成一致，大西军正式宣布归顺隆武朝廷，孙可望四兄弟均放弃自称的王号，接受朝廷册封的侯爵，孙可望、李定国、刘秀、艾能分别为平东、安西、定北、抚南侯。隆武朝廷在形式将云南归到了治下，却也付出了不少代价，不仅授予孙可望镇西将军印、允许其执掌云南一切军务，在地方官员任用、税收的留取方面也给了其最大的自主权。虽有遗憾，但由于云南地处偏远，朝廷鞭长莫及，也只能暂作这般处理。

这一年，虽然以姜瓖为首的山西反清运动和以王永强为首的陕北反清运动都已经宣告失败，但“收复失地”的清廷也因此碰得头破血流，元气大伤。并且各地零星的反清烽火再也无法完全被扑灭，继陕西、山西跟河南的好汉之后，山东的各地绿林响马也纷纷加入了进来。满清两年内便在南方折了三个王爷和十万兵力的光辉事迹让各地的好汉们也看透了这个野蛮政权色厉内荏的虚弱本质“鞑子算个鸟”渐渐地成了一种口头禅。

也在这一年的十二月，执掌满清权柄七年之久的多尔衮终于在重病一命呜呼。至此，再算之前的多铎和阿济格，阿巴亥给老奴生的三个儿子已经全部完蛋。多尔衮的死，让满清的再次南征计划也为之搁浅。据说多尔衮在临死前还大呼“过江，过江，过江”，到死都没合眼。消息传到大明治下各省的时候，正好是隆武七年的正月，各地商铺的炮仗生意以往好了一倍都不止，无数军民热泪盈眶、欢欣鼓舞地庆祝这个双手沾满汉人鲜血的人渣去见了萨满。

隆武七年三月，休养生息两年多的大明开始了自甲申年来的第一次战略反攻。力图进取的隆武帝以庞岳为征东大将军，与广东镇总兵官王东日一同率军攻取福建。这一战是左军都督府下辖的南洋舰队首次参战，也是左府军首次陆海联合作战。休养生息两年多的左府军和广东镇爆发出了之前更为惊人的战斗力。此战历时半年，数万清军授首，满清闽浙总督陈锦、福建总兵马得功等多名地方武大员被击毙，整个福建和浙江南部宣告光复。

此战过后，隆武帝下诏，广东都指挥使司自此也划归左军都督府统辖，另在光复的福建和浙江重建福建都指挥使司和浙江都指挥使司，并设右军都督府统辖福建、浙江两都指挥使司，以王东日为右军都督府都督。

隆武帝的这一决定在群臣引发了不少争议。有人认为，如此一来，岂不是将湖广、江西、广东三省都置于左府军的势力范围之下？他日恐成尾大不掉之势。但这一回隆武帝却坚持了己见，并没有改变之前的决定。也有人把隆武帝升任王东日为右军都督府都督、成立右府军的举措看作是对庞岳及其左府军的一种变相的牵制。

此后，从隆武七年到隆武九年，大明都没有再主动对满清发起进攻，而是开始消化已经光复的地盘，逐渐地积攒实力。

而经过这些年的发展，左府军的实力也得到了进一步扩大。左军都督府下辖的五镇，每镇都扩充至一个骑兵营加四个步兵营共两万余人。此外，还有都督府直辖的近卫营、戍卫营等和水师以及南洋舰队等，全军总兵力已达十余万。军队的扩充尤其是南洋舰队实力的扩充让左府军集团垄断了广东沿海至南洋乃至日本等地的海贸，每年源源不断的白银流入也让庞岳不用再为军费所累。