最后，在二十三日，蘇東坡奉令留任原職，在二十七日，決定把請求審問蘇東坡的官員予以寬恕。

蘇東坡為小人陷害，太后支持他；政敵顯然未能達成目的，也因此丟了臉面。他別無話說，只好照舊留任。他對皇太后非常激，決定從此之后，毅然決然以更為坦誠的態度，向皇太后說別人所不敢說的話。今天在蘇文忠公全集裏還有很多政論文章和奏議，都是此后的兩年內寫的。那些奏議上都清清楚楚寫著日期，看了就知他所爭持的是哪些問題。

某近數章請郡未允。數日來杜門待命，期于必得耳。公必聞其略。蓋為台藏所不容也。昔之君，惟荊（王荊公）是師；今之君，惟溫（司馬溫公）是隨。所隨不同，其為隨一也。老弟與溫相知至，始終無間，然多不隨耳。致此煩言，蓋始于此。無進退得喪，齊之久矣，皆不足。

也是和往常一樣，每逢大后把這些奏章置諸閣，群小便繼續彈奏。由哲宗元佑元年十二月到次年正月十一日，有四五份表章彈劾蘇東坡。正月十二日，太后敕令停止彈劾。正月十三日，百官在中書省接到聖旨。那些官員竟而違抗聖旨，次日又上一表。蘇東坡這段期間並不屑答辯，只是上了四次表章，請求派任外地官缺，離開京都。到十六日，太后顯然是要支持蘇東坡，因為她對眾臣說，蘇東坡的意思是指國家官員的寬嚴，他並沒有對皇帝本有何不敬。甚至彈劾蘇東坡的官員有受懲處之說。

不像對王安石變法的爭論，而今這種紛爭連政策原則的問題都沒有。蘇東坡曾經反對恢復徵兵制，不過這並不是黨人所力爭的問題，黨人則是藉故生非。蘇東坡為主考官時，的考題是："今朝廷施仁祖之忠厚，懼百官有司不舉其職而或至于偷；法神宗之勵，恐監司守令不識其意，而于刻。"其實漢文帝為政尚寬，並未引起百事廢弛；宣帝尚嚴，也未失之過于苛酷。考生必須申論中庸之。當時那群小政客則反對這個考題，屢次上表給太后，請求審問蘇東坡。他們控告蘇東坡對仁宗、神宗犯大不敬之罪。

這時，蘇東坡決定不求外放，而是要而鬥了。他在正月十七日，給皇后上了兩千字長的一份表章，略敘他本人的職分並對卑劣的政治手法予以譴責。他是為"人應當有不同意權"而奮戰。在表章裏他指朝廷官員都表示同一意見，或因怕開罪于人而避免表示意見，皆非國家之福。君臣當表白自己的意見，如此于人于事，方有助益。倘若帝王所贊同的群臣都說對，群臣便都成了孔所說的鄉願，是足以招致亡國之禍的。然后他又略述在免役法方面他和司馬光不同的看法。他二人是意見不同，但是尊重彼此的意見。而今司馬光已去世，那群人，以為朝廷依舊繼續推行他既定的政策，于是只知順從皇帝的意見。實際上，司馬光並不希望人人都同意他的意見，他也不相信皇太后所需要的只是群臣唯唯諾諾的恭匝和卑曲酒媚的意見一致而已。他另一點異議是，從免役法所徵收的三十萬貫之中，撥了西北戰事所需之后，尚餘半數，朝廷應當把此款項在城郊購買土地，用以安頓退役的軍人，如此，可以減少服役人數的一半。此錢取之于民，當複用之于民。在這些方面，他一直堅持己見，得罪了不少人。大概在十二日，他寫信給好友楊桂，在信中又非難那些人云亦云毫無主見的人，並頗以自己有真知灼見而自負。那封信上說：

他所力爭的第一項是"廣開言路"。他若生在今天，一定會為言論自由而戰，為強大有益的輿論而戰。這是他再三再四提到的。他指來，朝廷有，皇帝一定是想辦法接近每一個人。比如說，唐太宗在位時（唐太宗可以說是中國四千年來最好的皇帝），他許每一個人到宮廷進言，甚至無官無職的老百姓也在內。若有人說有話要見皇帝，宮門的守衛人員不許阻攔。蘇東坡提醒皇太后，在本朝初年皇帝允許低級官吏謁見，甚至平民亦蒙接待。而今可得見到太后的人只不過十幾個人，那十數人豈能盡知天下所發生的事？倘若那十數人趕巧都是庸碌之輩，或不敢把真實情形奏聞，皇太后必致相信天下百姓安樂無事。天下情形豈不糟糕！誠然，別的官員也可以上表進言，但是那些表章進了皇宮，也就石沉大海了。皇太后若不親自召見，又怎麼了解所討論的問題？再者，還有好多事，是不能寫在紙上見于文字的。有的事情有時萬分