战斗从上午开始，等到夕西下之时，已经有两百多艘郑家船只先后被击沉，而崇明军仅仅损失了两艘普通的三桅帆船，双方的战损比是如此之大，以至于最后郑家的船只本不敢上前厮杀，而是远远的逃离了开来。

一方是百艘三桅帆船，都是樯桅耸的大型福船，每艘上面都安装着一到两‘门’红衣大炮，其中更包括“公主号”和“飞鱼号”两艘荷兰夹板船，每艘上面都有数十‘门’大炮，整支舰队的红衣大炮‘门’数超过了两百‘门’。

三月八日，安排妥了福建事宜之后，任思齐命令步军从仙霞关浙江，自己则奉隆武帝沿着海路回师。

而郑家的舰队船只数量多达上千，其中除了大型福船两百余艘以外，海沧船、哨船、破‘狼’船等各船只应有尽有。

此次南下福建，除了整编了郑家的军队以外，郑家十多年海贸积攒的庞大财富也落到了任思齐手中，各财富折合白银达一千多万两。任思齐大之下，宣布免除福建全省赋税三年，以收获民心。

占据了金厦两岛之后，郑森几乎掌控了郑芝龙大半的军，声威大震，开始派兵四下登陆，抢夺粮质。

隆武三年三月五日，任思齐任命陈名扬为福建总兵，统率留在福建的四万新军，任命任峻为福建巡抚，作为福建的最官员。同时组建南洋舰队，以茅十八为师提督，下辖五百余艘各式战船负责福建对外的海贸，以及经略南洋航线。

二月五日，茅十八率领船队继续南下，与料罗湾和郑家主力舰队相遇，双方展开了有明以来最大规模的海战。

茅十八指挥着船队了海港，剩下的郑家船只纷纷投降，崇明军登上了金‘门’厦‘门’两岛。

这是一场不对称的战斗，船只多的一方并没有取得一的优势，因为他们的船只往往还没有靠近对方，已经被密集的炮火击沉。在先的火炮面前，落后的战术完全不够看！

百余艘崇明军船只封锁了料罗湾海港，郑家的剩余船队被堵在了海港中本不敢来继续作战。第二天黎明时分，郑森带着百余艘主力战舰行突围，损失了一半的船只之后，突破崇明军的封锁逃了茫茫大洋之中。

两支船队仆一相遇，立刻了‘激’烈的大战之中，上千艘郑家船只围着百艘崇明军船队展开了疯狂的攻，帮作战、弓弩火箭攒‘’，火船攻，各传统的海战战术接连使。而崇明军船只则完全摆着防守的阵型，仅靠火炮攻击敌舰。

打金‘门’，金‘门’岛本是郑鸿魁的地盘，郑鸿魁已经应隆武帝的圣旨往福州去了，群龙无首之下金‘门’轻易被郑森突破，除了少分船只逃亡泉州以外，大分船只兵都归降了郑森。

隆武三年（1647年）元月，茅十八奉命率领崇明军主力舰队百艘三桅帆船到达泉州，开始了对郑森师的围剿。两只师先是战于泉州城外海面，郑森二百艘船只被击沉三十多艘，剩下的往南逃回厦‘门’。