残余的两万多常胜军立刻回城。此刻城内火光冲天，阿克苏的七八万居民正在城内追杀老李留在城内防守的三千士兵，常胜军这两万人马返回阿克苏之后，老李也不再讲什么宽容了，直接下令镇压反叛。

李明峰下令道：“无论男女老幼，凡是反叛的，一律杀掉！”

“是！”韦志俊和李秀成应道。

这两人都是反贼出身，向来嗜杀，现在李明峰下达这种命令，正和他们心意。

这场厮杀，倒更像是屠杀，阿克苏百姓连正经的武器都没有，如何能对抗拥有火器的常胜军？从午夜杀到第二天凌晨，城内的反叛基本全被镇压了下去。

因为常胜军受创过重而处于暴怒状态的老李此刻也下了狠心，将城内还活着的五万维民进行了清洗，年纪超过四十岁的，无论男女一律杀掉，不足十岁的男性孩童也一律杀掉。身有疾病的，受伤的，也一律杀掉。

最终只剩下精壮男女两万多人，都被李明峰用铁链子捆上，关押到了一起。还有两三千维族不足十岁的小女孩，也被李明峰给囚禁了起来。

老李派两千士兵负责看守，下达了死命令，一旦察觉有试图逃跑和反抗的，直接击毙。这样一来，整个阿克苏顿时死气沉沉，被囚禁的暴民反倒更加的恭顺了起来。李明峰心中也是感慨，看来以德服人还是不如以力服人！

此时老李还没有想到，这次的屠杀不但没有给他带来诟病，反倒会带来赞美之声。

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第二天晚上，刘铭传率领骑兵回城。李明峰通过刘铭传的汇报得知，阿古柏已经逃入距离阿克苏两百里之外的小城巴楚。

本来老李要是率领步兵从后面追上的话，还能配合刘铭传一同攻城。巴楚这小城根本没有什么城防，都是用土夯实的城墙，都经不起火炮攻击。但是因为阿克苏叛乱，打乱了老李的计划，步兵没能尽快支援，而骑兵又无法攻城，刘铭传只能放弃进攻巴楚。

阿古柏逃窜的仓促，他营寨之内遗弃了很多火炮和物资，现在都成了常胜军的战利品。不过，李明峰这次却没有觉得高兴。因为经过战后清点，常胜军经过这一次战役，伤亡士兵超过一万两千人，当先锋的一万北疆回兵更是全军覆没。

此刻常胜军竟然只剩下不到两万人马了，再加上损失更加惨重的李秀成和司马平的忠义军，李明峰麾下的人马经过清点，只有两万八千人。刨除迪化城内还遗留的两千士兵，老李从辽东带出来的人马足足损失了一半！

李明峰一边让伯锡尔继续给北疆回王写信，讨要更多的士兵支持作战，一边处理此战的后事，为即将到来的南征巴楚做准备。