过多次的商议，决定根据地理、民俗、历史等各种因素，将新疆省分成哈密府、吐鲁番府、迪化府、阿克苏府、喀什噶尔府、乌什府等六府。新疆巡抚，李明峰是保举陈星翰出任，下面的六个知府和同知等官，一部分由这次立有战功的常胜军中级将领担任，一部分是由这次战争中表现良好的回王家族派人担任。

伯锡尔功劳最大，忠于朝廷，所以他的残疾长子迈哈默特被任命为新疆布政使，总管新疆全省民务。哈密的知府、同知也由伯锡尔的侄子担任。

这样一来，不但哈密仍然是被伯锡尔家族所掌握，而且伯锡尔家族还有机会管理全新疆的事务。从权力分部上看，哈密回王家族确确实实的成了新疆第一家族。

毒死阿古柏的布加罗此战有功，李明峰将事情的经过据实上奏，请求封布加罗为贝勒、贝子之类的荣爵，并请封布加罗为喀什噶尔领主。雷扎伊也是类似，被李明峰请封为喀什老城的城主。

现在的回王领主和以前可不同了，新疆建立行省之后，领主的权力将会大幅下降，基本上比内地的大地主强不上太多。

李明峰详细的界定了地方官和地方领主之间的权力关系，领主的特权几乎全被剥夺，只是享有比较高的政治待遇和大片的良田罢了。现在的回王权力和阿古柏入侵新疆之前完全不可同日而语。

不过，能享受这样待遇的回王也不多，南疆那些招揽来阿古柏的回王，都被李明峰给全部关押了起来。李明峰认为，新疆多年动乱不堪，不是朝廷对这些贵族不够好，反而是对他们太好了。现在李明峰使用铁血手段对付回王，他们反倒老实了许多。

伯锡尔和布加罗毕竟是比较特殊的回王，李明峰这才给他们一定的特权，允许他们指派知府，其他的回王则基本失去了原有的权势。

南疆被平定之后，英国人也不再聒噪了。只有李鸿章仍然在朝廷上不停的攻击李明峰，他认为老李在新疆搞屠杀，弄僵民族矛盾，将来必有后患之类。

但是现在大清全胜的战绩摆在这，没人理会李鸿章。无论在什么朝代，在哪个国家，收复领土总要比割让领土好，即便这块领土比较贫瘠，比较混乱。李鸿章折腾许久之后，发现没人支持他，也就作罢。

反正他的目的也达到了，李鸿章就是想让李明峰和英国人之间产生矛盾，并且让英国人对他产生好感，全力支持他。从这个角度来看，胜利的是他李鸿章，李明峰和英国人已经彻底闹僵了，老李在新疆就已经听说在保定的英国企业有不少都撤资了。

与之相反的，是李鸿章的淮军得到了大批的英国武器，英国人也开始在李鸿章的地盘江苏进行投资。看来李鸿章经过这一次的事件，成功的取代了李明峰的地位，成了英国在华代理人。但是老李现在远在数千里外，只能暂时放下这件事情，等到返回中原然后再处理。

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