正在双方对峙之时，黄澄竟然认为燕军师老疲惫，必将北撤，同时京师无大将，建文帝遂将徐辉祖调回京城。杨靖仰天长叹，天要亡建文，他知，黄澄向建文晋言，徐辉祖统兵讨逆半年，却无法阻止燕军南下，要提防他与燕王沟通。就这样一些捕风捉影的传闻，让建文下了旨意。如果说徐辉祖是京师门上最后一门闩，就这样被黄澄轻轻走。

接到京师急报的徐辉祖被迫无奈，除留少数人守城之外。亲率四万人城南下追击燕军主力。朱能见徐辉祖城，也不他，连夜督促大军攻城，两日后济南终于被拿下。

四月初一，徐辉祖和齐泰合兵一，号称二十万，循齐眉山而来，双方在齐眉山下激战终日，虽然燕军取得小范围的突破，但在徐辉祖的死战之下，南军幸得没有崩溃。南军兵多但训练一般，北军兵少且转战千里相当疲惫，双方在山南山北再度形成对峙。

列阵南岸的南军大将何福见燕军辎重半渡，率领所骑兵掩杀浮桥桥。燕军守备猝不及防，被南军击溃，何福斩陈文于桥。燕王见此，率燕山左卫骑兵涉渡汴河企图营救，刚刚上岸，朱棣坐骑却被南军死，幸亏指挥王旗搭救，燕王换刀亲自冲锋，才将何福的骑兵击溃。此时河南岸燕军不多，齐泰见机会难得，亲自擂鼓助威，许下杀燕王者赏黄金千两封万侯。南军鼓起勇气蜂拥而至，将守卫桥地燕王围在当中。燕王且战且退，率撤回北岸，何福率军一当先在后追赶，幸亏燕将韩贵率领一军斜次里杀才将燕王接下。双方在汴河两岸厮杀一日，重新回到发位置，燕军据北岸，南军守南岸。

汴河一战是燕军南下首次遭遇挫折。燕王一方面派兵在正面疑惑南军，另一方面率领主力从河下游连夜涉渡，于第二天早上现在齐泰军营后侧，于黎明时分率军突击南军营寨。正当南军守不，负隅顽抗的时候。徐辉祖率领济南来的援军抵达战场，燕军一下陷腹背受敌的境地。燕王只得收拢战场上的燕军撤战场移驻齐眉山。

燕军在宿县等待十天。齐泰终于率领他地人赶到，驻灵，隔着汴河与燕军对峙。另一方面徐辉祖的兵也昼夜兼程赶到徐州，两军一前一后夹着燕军，但谁都不敢贸然击。

朱棣心领神会，率军绕过徐州直下宿县，宿县城小望风而降。朱棣料定徐州守军可能兵追击，派都指挥金铭率领一埋伏中，等徐州守军六千余人城之后，在秦沟埋伏，只等南军渡河，半渡而击，徐州守军大崩。

灵璧大战结束，朱棣面前再也没有阻止他的力量了，五月十二燕军避开中都凤，军泗州，由此渡过淮河，陷于台。五月二十六陷邮州，应天的门扬州完全暴在燕军面前。经过将近两年鏖战，以靖难起事地燕军终于饮长江。

州这样的城不能攻下就放在一边，大军不应为一城一地所碍，应该直取京师。

也许真是天该绝建文，第二日燕军又来攻城，鸣号炮三响，城内南军以为突围信号提前，纷纷打开城门往外冲。城外的想来，城里地想去，双方城门挤成一团。南军本来就是逃跑谁知被人堵在门不能动弹，军心士气顿时崩溃。何福率军从北门冲想冲击燕军营寨，被枪炮轰死；齐泰在亲兵掩护下从东门跑，落荒而逃。可怜建文皇帝指望的最后阻挡燕军地力量在灵璧一扫而空。

接到朝廷调令，朱植终于笑了，这正是他要等的东西。上命令小王，率领复州卫、三万卫、剌鲁卫赶往冀东，汇合第二军火速兵，大张旗鼓攻北平。三月初一小王的大军已经杀过香河。这里地情形与山东相似，只是换了一方，辽东军势如破竹。燕军反而一泻千里。燕军张信协助世朱炽守卫北平，一方面派信使通知尚在济南的朱能。一方面整顿兵据城死守。三月二十，燕军休整完毕，宿县准备渡过汴河。朱棣命都督陈文督促辅兵在河上架桥，然后先派一个千过河守卫桥，掩护大军辎重过河。

四月的南方，雨绵绵，燕军大多是北方人，也不适应。众将见队疲惫不堪，齐泰、徐辉祖又追不舍，都有些气馁，请朱棣北撤一，寻找其他草丰的平原就。关键时刻，朱棣拍案而起扔下一句“两军相对勇者胜！事已至此，我军只有有无退才能杀一条血路，直京城。”

五月初五，粮饷不济地南军只得离开齐眉山前往灵璧就，朱棣锐地察觉到南军的困顿，上派李斌率偏师截得南军粮草五万石。齐泰率领近十万大军困守灵璧，朱棣反而率军围攻。齐泰又在城中持了五日，粮草逐渐告罄。迫于无奈命下三日后听号炮南城突围。

至此朱棣正月十五兵，一路南下纵横千里。为时两个月，连下东昌、东平等七八座城池。燕军转战千里之后也非常疲惫，随留在宿县休整了十日。