而在南京城中，经过连续几日几夜的疯狂抓捕，总共有十余万人被送了牢房，以至于整个南京城的牢房都被满。可抓捕依然没有结束，士英将这一情况及时上报了三桂，企图停止行动。可三桂听后却没有同意，而是旨意，率先将名册上记录的人员以及他的家人斩，以腾空牢房。如果还不够，再从这些人的直系亲属中挨个斩，其余的人以此类推，直到诛尽九族为止。并要求由士英亲自监斩，而且还要在南京城的闹市区行。

原本就已吃很的大小船只被对方这么一攻击，更加承受不住。左良玉还未反应过来，立时便损失了几十艘船只。他恨得牙，虽然己方也拥有一些战船，但这么远的距离却本无法能伤及对方分毫，却只能任凭对方肆意攻袭。看前方的江面已经被彻底封死，左良玉无奈，只得命船队靠向岸边，企图由陆地逃命，否则如此下去，二十万大军将尸骨不存。

后面的船只见状立即纷纷停住，不敢再前。而文龙要的就是对方如此，利用这个时间，文龙已经将整个江面都严密的布防。任凭对方翅也难以飞过。接着一声令下，各战船开始向左良玉一方迫来。待抵达一定距离时，船上的各武开始发威，频繁击向对方的船阵。

可是当他的船队刚刚靠向右侧之时，岸上忽然喊杀声声。无数的人涌将来，立时占据了右侧沿岸。接着就是一的猛烈袭击，使己方瘁不及防下又倾覆了一批船只。左良玉简直气得要发疯，最后实在是无计可施，只得命令船队掉返回武昌。

的江当作逃生之路，纷纷叫喊着向那个方向跑去。

由于江面上漂浮的尸首太多，以至于拥了整个河，使文龙的军难以通行。无奈下只得一边命令手下清理河一边缓缓航行。

三桂一方要的就是这个效果，要知对方乃是一支几十万人的大军，要想将其尽数尽快歼灭可不是一件容易的事。因此他们才会设置那么多地雷、炸藥，而且攻击时也大都朝着这片区域，使得敌人不得不向江边逃跑。

可是来时是顺，返回时就是逆了。以左良玉所拥有的各大小不一的船只，再加上吃又，纵使全力航行也是慢如蜗一般。而后面文龙见左良玉要逃跑，忙帅旗一挥，各战船全力开动，向对方全速追去。

这场大战整整持续了一夜，到了第二日白天时已基本结束战斗。结果三桂的一方大获全胜，左良玉则全军覆没，除了所有的船只全倾覆外，陆地上的四十余万大军也尽遭覆灭，死伤累累。大分都是在江中淹死的，总共死在江中的近五十万，其余也很少有人逃脱。作为主帅的左良玉、左梦庚父，则也没能逃脱过死亡的惩罚。而三桂一方依靠着先的武装备，只仅仅伤亡了几千人，可以说是微不足。

而左良玉在上的大军则更是不济，他们原本真正的战船就不多，此次拉征了大量的货船及渔船供士卒乘用。而二十万大军全都挤在这数千艘大小不一的各船只上，吃的程度俱都很。不但行驶缓慢，且遇到风狼时还容易造成倾翻。左良玉原本也知这一，可他为了顺直下得以快速的直取南京，因此才不得不这么。而且他也没有想到会在半路上遇到三桂的军拦阻。左良玉一声大喝，命各船只全力启航，企图冲前面的拦阻。可刚刚行驶没有多远，最前的船只纷纷爆炸起火，上面的士卒不是被当场炸死便是落江中淹死。

接下来，士英开始在南京城行他的疯狂表演。连续三日，在他的监督下足足斩了近万人。望着南京城大小官员及百姓在背后的指指，士英有如芒刺在背。

士英听了心中叫糟，没想到抓捕的事还未完结，又将斩的事给自己。他虽然万般不情愿，但也不敢反对，只得领命去了。

这日，左良玉的远征大军还未抵达南京，便在九江全军覆没的消息传至南京城。立时引起了烈的轰动，人们在为自己的家园安然无恙庆幸的同时，也更加受到了蓟王吴三桂兵力的盛。而士英听到这个消息后，登时神大作，再也不旁人的白，以前所未有的牺牲神投到废寝忘的监斩过程中。

很快便轻易追上了对方的船队，接下来就是追着敌人的打。而岸上的大战此刻也已成一边倒的形势在发展。左梦庚已经对队伍完全失控，见敌人铺天盖地的狂奔而至，他也再顾不得指挥队伍，拍随着亲卫逃跑。

左方的岸边此刻已经的不成样，到是己方的士卒在亡命朝江中狂奔。后面依然被敌人的各武激烈的轰炸着，而江面上则漂满了己方将士的尸。左良玉知船队纵使靠向岸边也无法上岸，反而会被那些逃亡的兵卒攀上船来。他连忙下令，船队向右侧岸边靠拢。