湾的情况，对郑芝龙此话并无怀疑，他此时更关心的是如何才能收服这些原住民，毕竟他们也算是中华百姓，当然不能如对待朝鲜那样赶尽杀绝。“十万人当中大部分都是高山族的原住民，不过也有几千人是当年大明开国时便已来台湾定居的百姓，后来大明占领了台湾，他们怕大明对他们不利，才随那些原住民一同逃进了山林。而且据我所知，那些高山族的原住民生原本生活极其简陋，还是这些人进山后，才逐渐改变了他们的生活状况，所以这些汉人在山中的地位极高，可以算得上是这些原住民的统领。至于我和他们的关系，还是因为有荷兰人和西班牙人在岛上，迫于他们的压力，我们才时常互通信息，他们也经常向我们买卖一些生活必需品，还算是友善吧。不过属下自问尚无法说服他们来降。”
吴三桂听后点头道：“还好，如你说来这些原住民最起码还懂些道理，尚能与之沟通。待过些时日，我们安顿下来后，还希望你去邀请他们下山一聚，也好探探他们的态度，如能和平解决那是最好，如不能，恐怕也只能刀兵相加了！”吴三桂对台湾是势在必得，当然不会允许有其他势力游离在自己统治之外。郑芝龙听后，暗暗为山中的原住民担心，自己与他们相交多年，虽无深厚友谊，但却知道他们最是厚道，实在是不想与其刀兵相向。只希望他们能看清状况，千万不要违逆了吴三桂的性子。“属下必定将话带到。”“嗯，那好，今日就先这样吧，你那帮兄弟还在海上等你，你先回去安抚他们，早去早回，我在台湾城等你的好消息！”吴三桂既已打探明白了台湾的情况。也不再挽留郑芝龙。只希望他能言而有信，早日率部来投。随后吴三桂派出一艘小船将郑芝龙送回战舰。刚送走郑芝龙，又有人来报，王梦熊率军攻打澎湖列岛。损失了十余艘战舰后，终于攻上岛。此时岛上依旧枪炮声不断，喊杀声四起。看来王梦熊想要攻占各岛还得费此功夫。吴三桂冷笑道：“打吧，我倒要看看他王梦熊到底能在岛上嚣张几天！”
第二天一早，在台湾城中心广场上人山人海。周围十几里的台湾百姓听说今日要公审荷兰人，高兴地一夜没睡，连夜赶到城外，今日一早城门一开，几千人便蜂涌而入，大家都想看看辽东军到底如何公审这些败类，最好是将他们全部处以死刑，用他们的鲜血祭奠自己死难的亲友。
吴三桂站在广场正中央，身后一营步兵军卒穿着鲜亮的盔甲，一个个仰着挺胸，押着被伏的荷兰军，好不威风。这是今日一早吴三桂得知十里八乡的百姓都来看这历史上第一次公审大会，特意吩咐的，只为让这些台湾百姓见识到辽东军的风采，也好让辽东军在台湾百姓心中留下一个不可战胜地印象，为将来统治台湾奠定基础。四周几千名百姓将广场围得水泄不通，看着正中央跪倒在地地荷兰军愤怒不已。荷兰军在台湾岛上这十年，收刮金银珠宝无数，更可恨的却是残杀当地百姓，在台湾城击围十里之内竟没有一个村落，可十年前这里可是最繁华的港口之一，由此可知荷兰军到底屠了多少个村落，杀害了多少无辜百姓。
吴三桂看人到得差不多了，而且现场是越来越混乱，与荷兰军有仇的百姓已经压制不住自己愤怒地心情，几次形成*人潮想要冲进广场中央生撕了这些荷兰军，若不是辽东军制止，这些手无寸铁的荷兰军恐怕早就成了一滩肉泥。“大家安静一下！”吴三桂向着四周百姓大喝道。经过几千名辽东军地维持，现场终于静了下来。吴三桂才接着道：“我知道大家对这些荷兰军恨之入骨，不过咱们不能放过一个坏人，却也不能冤枉了好人，现在台湾城中的荷兰军都在这里，一会儿我会命人将他们一个一个押上来，由大家指责他地罪状，不过指责时一定要有证据，如果一时拿不出证据，便需有十名以上的证人才可定他的罪行，不论他们犯了什么罪，我们必会秉公处理，罪大恶极的，将现场处决！”“好！”“多谢青天大老爷为我们做主！”下面几千名百姓纷纷叫好，费了好大劲才将这些人安抚下来。吴三桂命人按官职从小到大，将这些荷兰军依次押到中央，由台下众人指证他们的罪行。为了保证不放过一个坏人，这个公审大会竟足足开了三天，台湾百姓们情绪高涨，就连晚上也没有停下来。最后总计二百一十二名荷兰军，以范尼为首的一百三十一人罪大恶极被当场斩着示众，九十人因罪名较轻，被判入狱三年至终身不等，只有一名年轻的荷兰军卒上台时竟没有一人指证他。当时吴三桂还十分奇怪，难道这人就从来没出过台湾城，就没有侵犯过一名普通百姓？就在吴三桂还在奇怪时，台下竟突然有人大声道：“大人，求你放过此人吧，他从没做过坏事，在城中对我们这些人也十分照顾。”
“是啊，荷兰军出城掠夺时，他还曾给我们村报过信，才让我们村逃过一劫，希望大人法外开恩，放过他吧！”吴三桂上前对那名年轻的荷兰军道：“你听的懂的说的话吗？”这引起荷兰军在台湾岛上生活了这些年，大多都会说几句汉语，那名小伙也点点头。“那好，你叫什么名字？你能说说为什么你没有与那些荷兰军同流合污，反而对台湾百姓如此照顾吗？”
“回禀大人，我叫戴维斯，我的母亲便是一名华人，所以我才会如此。”噢，戴维斯？你是说你的母亲是名华人？难怪你的汉语说得如此之好，请允许我代表曾受你照顾的台湾百姓向你表示感谢，同时也向你的母亲致意。”
没想到戴维斯闻言却沉下头，低声道：“谢谢大人，只是我的母亲已经去逝了，得不到大人的祝福。”“对不起，戴维斯。我相信你善良的母亲一定会在天堂为你祝福的。不知你今后是想要回荷兰，还是留在台湾？”
“小人父亲早先去逝，家里人因我和母亲都是东方人，根本就看不起我，因此我母亲才会因病而故，小人在荷兰已没有家，如果大人不嫌弃，小人愿留在大人手下，为大人效力！”“好，此次俘虏了这些荷兰军卒，正好缺一名看押之人，既然你愿留在台湾，那这些荷兰降卒便交给你看管，我再拔一排军卒协助你，由你负责监督他们劳动改造。
处理了这些荷兰降卒后，吴三桂在台湾城附近深得民心，辽东军的威名从基隆、淡水、台湾城向四面八方广为传播，不仅在台湾岛上声名赫赫，战败的荷兰、西班牙诲军更是将强大的辽东水军之名传遍了东南亚各国，从此辽东商船再无人敢轻犯。同时吴三桂出兵攻占台湾的事也由王梦熊报回大明，半月后方传到朱由检的御案之上。只是此时的朱由检正为李自成和张献忠而头痛不已，根本无旁顾，闻听此信，只是叹了口气，吩咐辐建水军密切关注辽东水军动向，切不可轻举妄动，免得惹恼了吴三桂，在已是千疮百孔的大明身上再散上一把盐。当日李自成所率闯王军由潼关长驱直入，直逼西安府，仅用一月功夫便攻下西安府。李自成在陕西站稳脚跟后。眼见大明已如夕阳末日，再无良将能与自己争锋，竟生起建号立国之心，与手下众将几次商议后，终于自封为新顺王，传檄天下。并以西安府为根据地，大封群臣。封牛金星为方丞相，徐就为左丞相，定军五营。每营四万人，共封二十二将。李自成亲兼新顺大元帅，徐敏宗为副都督，五营分由高一功、李过、李野、刘堂、小张候率领。李自成又在所占领之地仿照大明官职，遍设府尹、州牧、县令，李自成已自许为开国之君。