援断绝，这就寒心了。希望朝廷快速调遣大军防守，与我们共同倚为犄角之势，以巩固边防。”此时，辽东的镇塘上报朝廷，声称朝鲜与大清讲和，朝廷大臣认为这是李珲表面制衡大清暗地降顺大清的计谋，应派官前去宣谕，或派将领前去监护，其说纷纭，莫衷一是。李珲上疏辩解说“：二百年对明朝的忠诚是天下最大的事，是死是生关系到名节。”其言辞极为切实诚挚。礼部、兵部都为此请求皇帝降敕令晓谕李珲，让他安心。皇帝认为礼部、兵部的意见是对的，但不派官专门前去送敕令，而是让朝鲜的陪臣带回去。
天启元年(1621)八月，明朝廷改变了朝鲜上贡的线路，让他们从海路到登州，再直达京城。此时毛文龙以总兵的身份镇守皮岛，招集逃亡的百姓为兵，依靠朝鲜供给粮饷。十一月，李珲上奏说朝鲜国力难以负担这笔军饷，请求明朝廷遵循万历年间东征的事例，运送山东的粟米作为毛文龙军的军饷，皇帝同意。
三年(1623)四月，朝鲜国的国人废除了李珲的王位，拥立他的侄子绫阳君李亻宗，以昭敬王的王妃之命，让李亻宗权理朝鲜国事，让朝鲜政府移文给督抚，让督抚转奏明朝廷。毛文龙将此事揭发上报给了明朝廷。登州巡抚袁可立上奏说：“李珲果然有行不道之事，应听听朝鲜太妃的具体奏折后，等待中国来更立朝鲜国王。”袁可立的疏章被留在了中书省。八月，朝鲜王妃金氏上疏，请求明朝廷封李亻宗为朝鲜国王，礼部尚书林尧俞上奏说“：朝鲜废立国王之事，朝廷内外各位大臣都抒忠发愤，有的提议应声张他们的罪行而讨伐他们；有的提议不要急于讨伐而应接受他们的贡献，宽恕他们的末枝小错；有的说应当责令他们遵守大义，再察看国人的向背情况而定王位的；还有的提议应让李亻宗带兵去讨伐敌人替自己洗刷罪过的。这么多议论中都有可采用之处。而说李珲对明朝廷有逆悖之心，李亻宗是以赤心讨伐叛臣，忠心侍奉明朝廷的，只有毛文龙一人。皇上奉天意讨伐逆贼，扶植纲纪常规，是正法。姑且不念李珲对明朝廷素来恭顺，与各裔迥然不同，为今之道也应该另派忠贞于朝廷的有信誉的大臣，会同毛文龙一起，公开征集朝鲜臣民的意见，再三再四地询问访察为好。等到情况审核辨别清楚后，再请示皇上做出圣断。”皇帝同意。十二月，礼部回复朝廷说：“此前我们和兵部一起移咨文到登州巡抚那里，并给毛文龙去信，让他们派遣官员前去朝鲜调查。现今根据朝鲜国十二道公结之后申报上来的材料看，从王室宗族到八道的臣民都说李亻宗十分恭顺。况且朝鲜国的陪臣也相率前来哀求呼吁，说当此危急之秋，必须有君临国政的主人。因此请求皇上先给他们颁发敕谕，让李亻宗统理国事，仍让他们出兵索讨赋税，与毛文龙一起设下埋伏出奇制胜。等到朝鲜的局势渐渐正常以后，再派重要大臣前去朝鲜正式举行册封典礼。这样做，也不失为巩固边疆之道。”皇帝同意。四年(1624)四月，明朝廷封李亻宗为朝鲜国王。
五年(1625)十二月，毛文龙上报说：“朝鲜的叛逆之人李适和韩明琏等人在昌城起兵，直扑王京，被我擒获。他们的余党韩润和郑梅等人逃入建州。他们与左议府尹义立约为内应，约定在今年冬天大举侵犯朝鲜。我已送咨文给朝鲜国王，让他加强防守，把铁山的百姓暂时移到云从岛来生活。”登州、莱州的巡抚武之望上奏说：“毛文龙元帅从五月份以来，在须弥建造宫室，也就是所谓的云从岛。现今是十月他又在云从岛充实从外地迁来的军队、百姓和商贾，而铁山之地空虚了。所以朝鲜各道怀疑他有逼处之嫌，甚至还布好军队防备他。现今镇抚大臣所称的李适等人的叛乱，以及尹义立为内应之事，我们只稍有听说，而不敢太相信。我们相信毛文龙之说，则更加重朝鲜人的怀疑，而不相信他的报告，又怕给将来贻下后患。”兵部上奏说“：牵制敌国的，是朝鲜；与朝鲜相联属的，是毛文龙；驾驭毛文龙的，是登州巡抚。现今巡抚大臣与镇守大臣不和，导致镇守大臣与属国不和，这样十分不利。”皇帝便敕令镇守大臣和巡抚大臣之间要同心同德，而韩润、尹义立的事听任朝鲜自己处理。李亻宗又请求朝廷将辽东的百姓撤回安插到中国境内，兵部上奏说：“辽东人的去留问题，由毛文龙决定。毛文龙一天不离开，则辽东人也一天不会离开。朝鲜人把他们赶入岛内可以，但要把他们从岛上赶出去则不行了。应让镇守大臣把辽东的百姓从岛上清理出来，让登州巡按官限期运粮食到朝鲜，给当地辽东人施行救赈，以帮助他们发展生产。”皇帝以此为是。
六年(1626)十月，李亻宗向明朝廷上疏说：
“皇朝对于小邦有复国之恩，将我们小邦视同国内。不久前小邦国王昏乱，暗通敌国，致使皇朝天子震怒，降旨废黜了小邦国王。我自从权理小邦国事之初，就不敢安宁，马上派陪臣张晚为元帅，李适为副元帅，将我们小国中的精锐之师交付给他们，让他们进驻到宁州边境，一切听从毛文龙镇守大臣的节制，以等候与皇朝军队一起进剿敌人。而李适重兵在握之后，暗中蓄有觊觎之心，于是便与龟城的府使韩明琏一起起兵叛乱，直接进犯京城。张晚收集残余军队跟踪其后，与京辅官兵一起对李适的叛军内外夹攻，叛贼全部抓获。但是我们国家西部边疆的军力以及各镇的储备物资在这次战役中也全部消耗殆尽了。
“镇守大臣毛文龙在辽东全部沦陷之后，孤军东渡，寄寓于海上，先后招集了数十万辽东的逃亡百姓为兵，这也是我们小邦所仰藉的力量。但是考虑到我们国家变故太多，土地贫瘠百姓穷困，内要供应本国的军需，对外又要负担镇守大臣的军队，生产的粮食有限，实在是难以支给了。辽东的百姓为饥饿所迫，散布在各村落之中，强者攫夺当地百姓的粮食，弱者则行乞讨生活。我们小国的军民不堪忍受他们的骚扰，背井离乡，往内地转展迁徙。辽东的百姓也随着进入了内地。从昌城、义州以南到安州、肃州以北，迁徙过来的客人占了六七成，而当地的主人只占了三四成。以往曾将此情形具体上奏给朝廷，看见兵部给此事的处理已经决定，所以不敢再行干预。
“至于韩润和他的弟弟韩潭，都是叛逆贼人韩明琏的儿子和侄子，亡命潜逃在外，因而将敌寇勾引而来。贼人既然已背叛国家而逃，对他们的制命已不掌握在我手里了。尹义立曾任判书职位，本来就不是议政之官。他近年当差充任镇守大臣毛文龙的接伴官，因不称职，被褫夺官职回家，并无怨恨反叛之事。毛文龙镇守大臣根据王仲保等人的诉说，其实都不是事实。我想肯定是有谗邪之臣，欺骗督抚大臣，以兜售其交构离间之计。
“毛文龙元帅长期镇守海外，我与他打交道已有十年。虽然生活中的肉食将绝，我们都被此所困，但彼此间的情谊之深，没受丝毫损失。况且他迁驻到须弥，是为了保护手下的军民，让他们可就近取食而已。此一进一退，本是兵家常事。讹言很多，我本不介意。后来看到兵部督抚移交过来的咨文中有‘虞其逼处’，‘驱其民，驱其帅’，甚至还有‘布兵以防，属国怀有二心’等语，似乎是讲海外的情况，料想朝廷可能还不了解全部情况。我之所以请求朝廷清理辽东的百姓，是因为无力供养他们，原先并没有考虑逼处之事。我正与毛文龙元帅一起同心协力，建功报答君主，岂敢有一丝一毫的猜防之意？”
皇帝看了疏章以后说“：朝鲜国王与辽东镇守大臣和睦协力，爱戴中朝两国，其对朝廷的忠贞之情，溢于言表。镇守之军久悬海外，朝鲜人和辽东人杂处一起。久客累主，生产少而食客多。如果不是你朝鲜国王说，我还无法坐照万里之外的情况。但是毛文龙元帅对中朝两国来说，是牵制敌国的军旅；对你们朝鲜国来说则是形同唇齿。海上守军所需的粮草，我已命令兵部和户部筹划，限期运到。逃难出来流入你们国家的边境百姓，也让毛文龙元帅悉心计划安排，使他们不成为你的累赘。讹传之言，不必挂心，你们应合力同心，好自为之。”七年(1627)三月，兵部将毛文龙的揭报上奏皇帝“：高丽的官员中有些人招引敌人攻打铁山，打伤了我军一千人，杀死了六万高丽士兵，焚毁粮食百余万石，现敌人正移兵攻打高丽。”皇帝敕令毛文龙尽快相机救援他们。登州巡抚李嵩上奏说“：朝鲜的叛臣韩润等，招引敌人攻打安州，节度使南以兴自焚而死，中国援兵的都司王三桂等人也都阵亡。”不久又上奏说：“义州和郭山、凌汉、山城都已被敌攻破，平壤、黄州也不战自溃，敌兵已直抵中和，其游击骑兵已在黄州、凤凰城之间出入，并派兵向云从岛进发，攻打毛文龙元帅，朝鲜的国王和士民都迁徙到江华避难。”这时大清的军队所到之处，朝鲜的各城都望风奔溃，于是大清便派使者谕告李亻宗，李亻宗向大清投诚，大清才退兵。九月，李亻宗向明朝廷上奏讲述了遭大清军队侵略的情况。这时熹宗皇帝死，庄烈帝即皇帝位，下诏对李亻宗勉励一番。