一员大将统领。中路由如梅统领，东路由麻贵统领，西路由刘纟廷统领，水路由陈王。。统领，各自守卫汛地，相机进剿。此时倭军也分为三窟，东路由清正率领，占据着蔚山；西路由行长统领，占据着粟林和曳桥，建造了数重栅寨，严密防守；中路由石曼子统领，占据站泗州。行长的水军轮番给各倭军运送粮饷，在海上往来如梭。我军确定日期准备一齐进攻，不久国内来报说辽阳遭受敌寇入侵，李如松战败阵亡，皇帝下诏让如梅回国赴任，于是中路便由董一元统领。
当应泰审决杨镐的罪行时，李日公请求皇帝收回他对杨镐的决定，以勉励各镇抚官员完成征讨倭寇的重任。皇帝没答应。又因为应泰曾将杨镐在朝鲜筑城作为杨镐的一条罪状，说城坚意得之后，将会使朝鲜日后成为中国的祸患，于是李日公又上奏皇帝为此辩解。皇帝对李日公的回答是：“我们连年在朝鲜用兵，分发军饷，是因为你们国家对我们素来效忠顺从的缘故，不要因为个别人的话而自己起疑心。”
九月，在朝鲜的明军将士分道进兵，刘纟廷进逼行长的营地，与行长相约好好地会一会他。第二天，刘纟廷率军攻城，杀死敌人九十二人。陈王。。的水军也协助刘纟廷堵击倭军，毁坏倭军船只一百多艘。行长悄悄地派一千多骑兵扼击刘纟廷，刘纟廷感觉形势不利而退兵，陈王。。也弃船而逃。麻贵带兵到蔚山，斩杀了不少敌人，倭军佯装退兵引诱麻贵。麻贵进入空空的堡垒后，伏兵四起，于是被倭军打败。董一元进兵夺取了晋州，乘胜渡江，接连攻毁了两座敌寨。倭寇退保泗州的老营，经过激烈的鏖战，攻下了泗州老营，往前进逼到新寨。新寨三面环江，一面靠大陆。江中引入海水作为护濠，在寨前停泊有海船数以千计。新寨的两边筑有金海和固城两个城，做自己的左右两翼。十月，董一元派遣将领从四面攻打城池，用火器击碎了寨门，士兵竞相前去拔除栏栅。忽然军营中火药发生爆炸，火焰冲天，倭军乘势冲击明军，固城的倭军也已赶来，于是明军大溃，逃回到晋州。皇帝听说此事后，命令斩两个游击以示惩戒，让董一元等人各带罪立功。该月，福建都御史金学曾上报说在七月九日日本的平秀吉死亡，朝鲜的倭军都有回国的意图。十一月，清正率军乘船先回，麻贵于是进入岛山和酉浦，刘纟廷攻夺了曳桥。石曼子率水军援救行长，陈王。。率军邀击，打败了石曼子。不久，各地倭军全部扬帆回国。
自从倭寇在朝鲜作乱的七年间，中朝两国还有其他属国丧失了军队数十万人，花费军饷数百万，至今都还算不过来。到关白死，这个祸乱才开始平息。
二十七年(1599)闰四月，皇帝将平定倭寇的消息诏告天下，又给李日公敕谕说“：倭奴平秀吉行为放肆无道，蹂躏你的国家。我顾念你王室对朝廷世代忠贞，深为怜悯你们。这七年来，每天都在考虑对付倭贼的事。刚开始时是对他们薄施讨伐，继而又包容和亲他们，最终对他们严加征讨。不杀人乃是上天的善心，用兵动武乃是不得已而已。安疆靖乱，应以扫荡平定为好。可幸的是天神也讨厌倭人作恶太多，暗里帮我们歼灭了倭人魁首，于是大军乘此机会，追击败退的倭寇，连海隅都已扫清。捷报传来，我的忧劳之心才稍有放松。对于你来说，虽然归还给你的是旧的河山，但实际上同新造的是一样的，要振兴凋敝之业，费力更为艰辛。倭寇虽然逃归本国，但其种族还在。我现在命令邢。。带兵回京城，适量留下万世德等人替你分别戍守国土。你应该卧薪尝胆，不忘前耻，尽忠尽孝，将前辈的功业发扬光大。”
五月，邢。。向朝廷逐条陈述东征之后的十件善后事宜：其一，留下骑兵、步兵、水兵共三万四千多人，战马三千匹帮助朝鲜戍守疆土；其二，确定每月的军饷，每年给驻守朝鲜的明军发饷银共九十一万八千多两；其三，确定缴纳的田税，可用米豆代替米麦，将此分派给辽东、天津、山东等地，每年十三万石；其四，留兵守卫中路的海防通道；其五，裁减运饷司；其六，尊重将领；其七，增添巡捕；其八，将各军镇巡逻的讯地分开；其九，操练军队；其十，责成朝鲜本国按以上意见去办。朝廷大臣讨论后认为“：几年来疲惫消耗，到现在可以休息一下，自然应当在国内加固根本，不应当更多地花费消耗。况且朝鲜国遭受兵荒之后，不仅仅是以倭人的侵扰为苦，还苦于要负担我们在朝鲜的军队。所以今天所议的善后事宜，仍应与朝鲜国商量，先看他们的粮饷出入情况，再来斟酌我军的去留。至于增购马匹、添补标兵、创立巡捕，以及管理粮饷的府佐等等，全应停止。”皇帝命令督抚会同朝鲜国王一起商量酌定后再上奏此事。八月，李日公向朝廷进献土产，皇帝按例给予褒赏。十月，朝鲜请求留下八千水兵帮他们戍守疆土。从朝鲜撤回来的官兵，就全部驻扎在辽阳以防北方外族入侵。二十八年(1600)四月，朝鲜请求将义州等地仓库中遗留下来的明军食用的米豆运回辽阳。户部上奏说：“运输很困难，不如直接送给朝鲜、让他们用于振兴凋敝的家业，以便昭示皇帝的仁德之心。”皇帝下诏说“：同意。”
二十九年(1601)二月，兵部答复经督朝鲜事务的七条意见：“其一，训练士兵。高丽人骠悍，能耐寒受苦，但其衣是长衫大袖，无法训练，应以管束行伍的方法教育他们。其二，守卫要冲之地。朝鲜三面环海，釜山与对马岛隔海相望，巨济也就在旁边，应以重兵防守该地，并在蔚山、开山等地也派兵戍守。其三，修筑险隘之处的营垒。王京北靠丛山，南临沧海。忠州左右又有乌岭和竹岭，其道像羊肠一样狭小绕曲，有一夫当关万夫莫开之险。现今这些地方的营垒遗址尚存，应给予修葺。其四，修建城池。朝鲜八道之地，十之八九没有城池。平壤西北部的鸭绿江和坝江，都在南部通海。倘若倭寇另外派一支军队占领平壤，则王京的声援就会被断绝，这些地方都应修筑屯寨聚众守卫。其五，造器械。倭军便于陆战而不便于海战，是因为他们的船太重太大，不利于攻击。现今准许他们添造一百一十艘战船作为奇兵，船上添造有神机百子火箭。其六，寻访奇异人材。朝鲜国以世代为官为贵，以世代服役为贱，对百姓为官之途全都禁锢，因此许多人材往往逃到倭人那里或投奔敌方，成为本国的祸患。因此应让他们破格搜寻采用人材。其七，整治我国内的军备。我们中国东南临海，以登州、旅顺为通海的门户，镇江是通海的咽喉，应援之兵，不应全部撤离。我们自己稳固了也就能使朝鲜也稳固。”皇帝下诏让朝鲜按上述几条刻苦执行。九月，朝鲜上奏说朝廷以前颁发给他们的诰命和冕服都因遭变乱沦失了，祈求皇帝再补发颁给，皇帝同意了。
此时倭人国内动乱，对马岛的岛主平义智将投降他们的朝鲜人全部遣送朝鲜，并传书过来与朝鲜讲和，还声称平秀吉手下的将领家康将输送粮食数十万作为军用物资，以威胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相隔，岛内不产五谷，靠朝鲜给他们提供大米。自倭军入侵朝鲜后，停止与对马岛开市供粮，对马岛便千方百计胁迫朝鲜与他们通好。平秀吉死后，明朝的军队全部撤回国内，朝鲜对倭人十分畏惧。他们想与倭人通好，又怕得罪中国。十二月，李日公以对马岛倭人向朝鲜求好一事请示明朝廷。兵部认为此事难以遥相估计，让总督万世德酌情上报处理，皇帝同意。三十年(1602)十一月，李日公上奏称倭国使者频频来要挟我们朝鲜与他们通好，还为此准备动兵，请求朝廷选派将领率军到朝鲜监督协助我们的防卫。皇帝说“：曾经留下将士教习过你们怎么防卫，现成的方法都在那儿，不用再派人了。”让朝鲜的使者将敕谕带回去劝诫勉励他们。三十三年(1605)九月，李日公又请求明朝廷封李珲为世子，礼部仍坚持立长之说。三十五年(1607)四月，李日公以家康前来向朝鲜求和之事上报明朝廷，兵部讨论后认为听任朝鲜国王自己处理算了。从此，朝鲜和日本通好，过了三年便计划互相开市贸易。
三十六年(1608)，李日公死，光海君李珲自称为署国事，派陪臣前来向明朝廷讣告丧讯，并请求朝廷给李日公封谥号。皇帝厌恶他擅自接掌国政，没答应他的请求，让朝鲜国的臣民公议谁该当政之后，将结果上报明朝廷。这时我大清的军队已征服了各部落，渐渐逼近朝鲜。兵部讨论后，让李珲大修武备，整肃边防，并请求皇帝给辽东左督抚和其他镇守大臣下敕令，让他们派官到大清宣达不相侵犯之意。皇帝同意了这个意见。十月，明朝廷封李珲为朝鲜国王，顺从了朝鲜臣民的请求。三十七年(1609)二月，皇帝给李日公封谥号为昭敬，派遣官员到朝鲜给李珲和他的妃柳氏颁赐诰命。